INTRODUCCIÓN A LA GENÓMICA ESTADÍSTICA
DEC-547
Dr. M. Humberto Reyes Valdés
Otoño de 2003
Examen 2
1. La varianza genética dentro de una F2 está definida como:
=,
donde a = efecto aditivo y d = efecto de dominacia. A su vez, la heredabilidad dentro de la F2 es:
.
Demuestre que si a = n, entonces si se asume d = 0. Verifique si están correctas las cifras 0.0, 0.8, 3.0 y 11.1 en la página 17 de Haley & Knott (1992).
2. En el Cuadro 1 de Haley & Knott (1992) aparecen los coeficientes para el efecto aditivo y de dominancia, como función de tres variables: y Exprese las primeras dos funciones en términos de solamente dos variables.
3. Consulte las frecuencias alélicas para los sitemas ABO y MN para alguna población humana. Para cada uno de los dos loci, estime el PIC y la heterocigosidad. Interprete los resultados.
4. En la base de datos del NCBI consulte el cromosoma, la localización, el Locus ID y el producto bioquímico para los loci de los sistemas sanguíneos ABO y MN.
5. Vaya al sitio http://rwmotloc.com/hr/entropy/sat.htm, donde se encuentra la información para la aplicación Mathematica llamada SATORI. Analize la base de datos que se incluye como ejemplo. Use un modelo en que los efectos genéticos está dados solamente por los fundadores 1 y 3 (GParent1 y GParent3) sin interacción. Haga un reporte con: Gráfica de F, prueba de permutación (use 500 permutaciones y alfa = 0.01), efecto de algún QTL si es que se detectó, con su respectivo intervalo de confianza generado por bootstrap.
6. Suponga que en una población se obtienen los siguientes conteos haplotípicos: 200 AB + 268 Ab + 300 aB + 180 ab
(a) Haga una prueba estadística con el fin de investigar si existe asociación significativa entre los loci A y B. Dé el valor de p obtenido con la prueba.
(b) Estime LD con la entropía de Shannon y haga una prueba estadística con la misma.
Created by Mathematica (December 9, 2003)