MARCADORES GENÉTICOS MOLECULARES (FIT-616)

DR. HUMBERTO REYES VALDÉS

EXAMEN FINAL (2009)

1. La siguiente son matrices de datos codificados de RAPDs (1=banda, 0=no banda. Cada renglón corresponde a una línea de una especie autógama y cada columna representa un locus. Datos
   1. Elimine las columnas (loci) no polimórficas
   2. Calcule la similaridad e Nei y Li (con calculadora) para todos los pares posibles de cinco líneas, y anote los datos como una matriz 5 X 5
   3. Haga lo mismo con la disimilaridad
   4. Haga lo mismo con la "Restriction Site Distance", que emplea la función logarítmica
2. Considere la siguiente secuencia:
   AAAGGTGCAGAGACTCAAAGGAAGTTGTTCTAACAAATGGGGTTGACTGTGCTGTGTTCTTATAAGAATT CTTCCATCAAAACTCCAATAAAAAAGGGAGTAAAGCATATACGTGTAGTGAACTATATCAAATGATTAAA GACAACCCGAACCCATACGTAATCCTTATATATATATTTATATATATATATATATATAATCAGATAATCT GAATTCTACTTTATATAATAAGAATATGAAATATATATTCTAAAATGGATAATTCTATCTAAATAGAAAT TTTAGAATATGAAGTGAAAAGATTTCTATGAAAAAATGGAAGAATTTTTGGGTTATGAATCGATTCCAAG TTGAAAAAAGAATAAAATATGCATTTACTCCATAGTCTGATAGATCTTTTGAAGAACTGATTAATCGGAC GAGAATGAAGATAGAGTCCCGTTTTACATGTCAATACTGACAACAAAGAAATTTCTAGTAAGAAGAAAAT CCGTTGACTTTCAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAGCTTATTTCACTCCCGAACTAG TTATCCTTTTTTTATTAACAGTTTGAAGGTGGTTATGTTCCTCATTTTTTTTTTGTTTTCAAATTCAAAA AGGCTAAAGGCTCCGGACGAAAATGCTTTTCCCTTATCAAAAGTCTTC
   
   1. Haga un BLAST para dilucidar a que organismo pertenece posiblemente y cuál podría ser su función
   2. Con Primer III diseñe un par de iniciadors que amplifiquen de la base 100 a la 150 (puede incluir más bases adyacentes). Anote la secuencia de los primers y del producto esperado. Marque las regiones de la secuencia donde se unirían los primers.
3. El siguiente arreglo representa 80 genotipos detectados con RFLPs en una muestra aleatoria de una población de polinización libre. El alelo A1 es la banda superior y el alelo A2 es la banda inferior.
   {A1,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A1,A1},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A1},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2}}
   1. Estime las frecuencias de los alelos A1 y A2
   2. ¿Está la población en equilibro de Hardy Weinberg? Haga una prueba de ji cuadrada para esa hipótesis
   3. Estime la heterocigosidad esperada (MLE e insesgada)
   4. Estime el PIC
   5. ¿Cuál sería el PIC máximo para este número de alelos?
4. Lea este artículo sobre selección genómica y haga un resumen de una página sobre el mismo.

Lao Tsé