Fecha de entrega: Agosto 28, 2006
Para este trabajo requiere de la base de datos de microsatélites en maíz (CIMMYT) NAYA24. La extensión de este archivo es .ods, por lo que se abre con el software de código abierto OpenOffice.
Baje e instale OpenOffice en su computadora
Baje la base de datos NAYA24
La base de datos NAYA24 consiste de una serie de genotipos de una población de maíz de Nayarit y marcadores microsatélites. Estime a partir de esta muestra las frecuencias alélicas para cada marcador de microsatélites. Reporte sus resultados, junto con los datos, en una hoja de cálculo de OpenOffice. Auxiliese de la hoja de cálculo para hacer las estimaciones. En caso de tener dudas acerca de la estimación de frecuencias alélicas, puede recurrir al ebook "Theoretical Evolutionary Genetics" de Felsenstein (pgbook.pdf).
Nota: Busque lo que necesita en el Servidor Indio (Herramientas).
Fecha de entrega: Septiembre 18, 2006
Utilice pruebas de Chi cuadrada para equilibrio de Hardy-Weinberg en los datos de la base NAYA4. Para cada locus reporte el valor de Chi cuadrada, el valor de p y la conclusión.
Fecha de entrega: Septiembre 25, 2006
Para este trabajo requerirá de la base de datos de RFLPs en trigo wheatdendraw2.txt. Haga pruebas de asociación (con tablas de contingencia) de Chi cuadrada entre los pares posibles de los marcadores ABC154-A, ABC154-B, ABC-154-C y ABC154-D. Para cada prueba, ignore la variedad que tenga algun dato perdido. Interprete sus resultados.
Fecha de entrega: Octubre 23, 2006
Calcular las similaridades entre las primeras 20 líneas de trigo de la base de datos wheatdendraw3.txt, con base en los primeros 100 loci. Utilizar la similaridad de Nei y Li, que está en los apuntes del curso de marcadores.
Fecha de entrega: Noviembre 6, 2006
La siguiente es una matriz de datos codificados de RAPDs (1=banda, 0=no banda), en donde se usaron 4 primers (iniciadores). Cada renglón corresponde a una línea de una especie alógama y cada columna representa un polimorfismo. En este caso los renglones equivalen a los carriles de electroforesis.
Como puede notar, hay un total de 30 tipos de bandas (columnas). Seleccione sólo aquellas columnas que sean polimórficos. Suponga que desea conocer las distancias entre esas líneas, y tener una representación gráfica de las mismas y posibles agrupamientos. Para ello usará primero el programa RESTDIST de PHYLIP. Dicho programa le permitirá calcular una matriz de distancias.
Tips: Los primers usados en RAPDs son generalmente de 10 bases, entonces la longitud por sitio es de 20. Considere esto para modificación de las opciones "default". No olvide considerar que se usaron 4 primers. No use "Tab" para los espacios, use la barra espaciadora. Mucho cuidado con el número de espacios que debe ocupar el nombre de cada línea, ¡ni mas ni menos!
Observe el "outfile" y examine las distancias genéticas. ¿Alguna conclusión hasta el momento?
Ahora use el programa NEIGHBOR para construir analíticamente un dendrograma. Para ello use el output que le dio RESTDIST. En la construcción del dendrograma mantenga la opción default Neighbor en lugar de UPGMA. Examine los dos archivos de output, que son outfile y outtree. En particular, entienda el formato de outtree. ¿Alguna conclusión hasta el momento?
Como pudo haber notado, el fenograma que aparece en NEIGHBOR le permite derivar conclusiones, pero no es muy presentable. Entonces recurra al programa TreeView para obtener la representación gráfica. En particular use los tipos "Phylogram" y "Radial tree".
Elabore un reporte completo de este problema. Incluya los datos originales, cuadro de resultados y gráficas. No olvide justificar los parámetros que introdujo en RESTDIST. Discuta sobre las posibles implicaciones que tendrían sus resultados si las cinco líneas formaran parte de un programa de formación de híbridos.