MARCADORES GENÉTICOS MOLECULARES, Tareas

MARCADORES GENÉTICOS MOLECULARES (FIT-616). Tareas

DR. HUMBERTO REYES VALDÉS

Nota importante: Cuando alguna de las tareas involucre investigación bibliográfica, considere lo siguiente:

Si alguna de las fuentes se encontró en la internet, debe provenir de una revista científica con arbitraje o bien del sitio de una institución científica autorizada.
No quiero que me entreguen puros “printouts” de lo que encuentren en la internet. Sus investigaciones deberán estar organizadas de acuerdo con el objetivo de la búsqueda, y deberán incluir comentarios y conclusiones propias.
Se pueden incluir imágenes, siempre y cuando estén bien ubicadas en su reporte.
Las tareas se me entregarán en papel, a menos que especifique lo contrario.

Fecha de entrega: Febrero 3, 2009
1. Para un DNA de doble cadena, ¿cuáles de los siguientes cocientes de bases son siempre igual a 1? Demuéstrelo para el caso general.
  1. A/T
  2. (A+G)/(C+T)
  3. (A+T)/(G+C)
  4. (A+C)/(G+T)
  5. C/G
  6. (G+T)/(A+C)
  7. T/G
  8. (T X G)/(A X C)
  9. (T XA)/(T²)
2. Si el porcentaje de timina en una doble cadena de DNA es 20, ¿cuáles son los porcentajes de adenina, citosina y guanina en ese DNA?
3. Si una partícula viral contiene un DNA de doble cadena de 20,000 pares de bases, ¿cuánto mide en milímetros?
4. Para la siguiente sección de cadena codificante de DNA: 5’AGAGAGTATGTTGAGTCTTGGGCGAGTCACGAACGGGAG3’
  1. Anote la secuencia de la cadena templete
  2. Anote la secuencia del mRNA
  3. Anote la(s) secuencia(s) de aminoácidos. Utilice el código de una letra para nombrar aminoácidos.
5. Investigue la velocidad de síntesis y la tasa de error en la replicación del DNA por la DNA polimerasa III
6. Investigue el valor C de la especie con la cual trabaja en su tesis
7. Suponga que se encontró un microorganismo en Cuatro Ciénegas al que se bautizó como Anarro buitrensis. Se hizo un experimento de reasociación y se obtuvo un Cot½ = 15, mientras que para E. coli se obtuvo, en las mismas condiciones, un Cot½ = 10. Se midió el tamaño del genoma de Anarro buitrensis y se llegó a la conclusión de que consta de aproximadamente 8.4 X 10⁶ pares de bases.
  1. Cuál es la complejidad del genoma de Anarro buitrensis?
  2. ¿Se trata de un genoma eucariótico o procariótico? ¿Por qué?
(Fecha de entrega: Febrero 24, 2009)
1. Defina los siguientes términos:
  1. Patrón de lectura abierto “ORF” (open reading frame)
  2. Replicón
  3. Lectura de prueba (proof reading)
  4. Origen de replicación
  5. Intermedio Holliday
  6. Telomerasa
  7. Transcriptasa reversa
  8. LINE
  9. SINE
  10. SAGE
  11. MPSS
  12. Dogma central
  13. Transposón
  14. Retrovirus
  15. Exonucleasa
  16. Taq polimerasa
2. Investigue las propiedades y estructura de la Taq polimerasa
3. Estime el número de cortes esperado con la enzima Not I para el genoma de arroz.
4. Asuma un genoma de 6 X 10⁶. Estime el número de cortes con Not I bajo las siguientes condiciones:
  1. Igual porcentage de las 4 bases
  2. Un 70% de pares C.G
5. Investigue: Proveedor y precio de las enzima Eco RI y Sma I. Asegúrese de transformar el precio a pesos mexicanos y de contabilizar los gastos de envío a Saltillo, Coah.
Fecha de entrega: Marzo 10, 2009
1. Considere que dos líneas puras tienen los siguientes patrones para RFLPs
  
  A B
  
  ---
  
  ---
  
  Dibuje los patrones posibles para los cruzamientos AXB(F₁) y AXB(F₂)
2. Haga lo mismo asumiendo que es un patrón de RAPDs
3. En la siguiente imagen codifique con 0s (no banda) y 1s (banda) los carriles 4, 5 y 6. Marque con una X aquellas bandas que no puedan ser codificadas
Fecha de entrega: Marzo 31, 2009
El siguiente arreglo representa 80 genotipos detectados con RFLPs en una muestra aleatoria de una población de polinización libre. El alelo A1 es la banda superior y el alelo A2 es la banda inferior.
{{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A1},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A1},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A1},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A1},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2},{A1,A1},{A1,A2},{A1,A1},{A2,A2},{A2,A2},{A1,A2}}
Por otro lado, se hizo un muestreo de 100 plantas con RAPDs y se obtuvieron las siguientes codificaciones para un locus:
1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Asuma equilibrio de Hardy-Weinberg en ambas poblaciones
1. Estime las frecuencias de los alelos A1 y A2 para RFLPs
2. Con los datos de frecuencias estime la heterocigosidad de máxima verosimilitud y la heterocigosidad insesgada
3. Estime la frecuencia del alelo recesivo en el locus de RAPDs
Fecha de entrega: Mayo 12, 2009
1. Lea con detenimiento el artículo AS SWINE FLU CIRCLES ... que le fue enviado por correo electrónico
  1. Haga un resumen que contenga entre 500 y 800 caracteres
  2. ¿Qué significa CDC?
  3. ¿Quién es Julio Frenk?
  4. ¿Qué significa H1N1?
  5. ¿Dónde se detectaron los primeros dos casos de influenza porcina este año?
  6. Explique que es R0
  7. ¿De donde proceden las piezas que conforman al virus H1N1?
  8. ¿Cuál es el el nombre genérico y comercial del antivirus que más se está usando contra este virus?
  9. ¿Hay pruebas de que este virus se originó en México?
2. Lea el blog de Science en http://blogs.sciencemag. org/scienceinsider y diga las novedades sobre la pandemia A H1N1
Fecha de entrega: Mayo 27, 2009
Haga una presentaciión en PowerPoint (o equivalente) del problema resuelto (Helianthus y Tithonia) en el pasado taller de bioinformática

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